Articles avec le tag ‘PubMed’

Quelques idées reçues sur MedLine / PubMed

Mardi 28 août 2012

À la suite de discussions avec certains collègues, un petit florilège d’idées reçues sur PubMed / MedLine :

Idée reçue n°1 : « Tout ce qui paraît en médecine est indexé dans MedLine. »

Faux. On estime à 40% le taux de littérature biomédicale dont les articles sont indexés par MedLine (zut, j’ai perdu la référence exacte de ce chiffre). Les articles de 5 000 revues biomédicales sont répertoriés, ce qui est déjà respectable, mais tout n’y est pas.

Idée reçue n°2 : « Si je cherche en français dans PubMed, je vais trouver les articles français. »

Faux. Les références des articles sont retraduites en anglais avant d’être indexées dans MedLine, et notamment le titre (qui apparaît alors entre crochets quand l’anglais n’est pas la langue d’origine). De manière générale, ce n’est jamais une bonne idée de chercher avec des mots-clefs français sur PubMed. Vu la masse d’articles recensés, on trouvera forcément quelques papiers en procédant de la sorte, car il reste toujours des scories non traduites dans certaines références. Sur les 5 000 revues indexées, on ne trouve qu’une centaine de périodiques en français.

Par contre, si vous avez trouvé une référence d’article français, et que le PDF est accessible via PubMed, le texte que vous consulterez sera bien en français. Les gens de la NLM ne poussent pas le vice jusqu’à traduire les articles en anglais. Inversement, PubMed ne traduit pas les articles anglais en français. Ni aucun autre outil d’ailleurs, au grand dam des étudiants qui posent régulièrement la question en formation… Les traducteurs automatiques qui existent ne donnent jamais de résultats satisfaisants, même s’ils permettent de saisir parfois l’idée générale d’un texte dans un idiome qu’on ne maîtrise pas du tout.

Idée reçue n°3 : « Si la revue est indexée dans MedLine, c’est une publication de qualité. »

Souvent vrai, parfois faux. Si la plupart des revues répertoriées sont de qualité, il y en a aussi qui n’ont que très peu à voir avec la recherche. Des revues avec de belles photos en couleur, où l’on déniche parfois quelques lignes de textes entre les pleines pages de publicité (non, non, je ne citerai pas de noms !).

Idée reçue n°4 : « Tous les articles sont accessibles en PDF sur PubMed. »

Faux. Déjà, tous les articles n’existent pas en format numérique. Si une icône apparaît en haut à droite de la notice, vous avez de la chance, l’article existe en numérique, et en cliquant sur l’icône vous pourrez y accéder… mais pas toujours gratuitement ! On estime à environ 25% du total les articles dont le contenu est accessible gratuitement en ligne via PubMed. Il s’agit de textes déposés dans des archives ouvertes ou publiés dans des revues en Free Access. Pour le reste, vous devrez vous contenter d’un résumé, dans le meilleur des cas. À moins de bénéficier d’un accès institutionnel qui vous fournira les articles des revues payantes pour lesquelles votre institution a contracté un abonnement.

Idée reçue n°5 : « Tous les articles sont indexés avec des mots-clefs du Mesh » ou « En faisant une recherche PubMed avec les mots-clefs du Mesh je vais trouver tous les articles sur mon sujet. »

Faux. Dans PubMed, les références sont visibles avant même qu’elles n’aient été indexées avec les mots clefs MeSH qui vont bien. On ne peut alors les trouver que par les mots qui apparaissent notamment dans le titre ou le résumé, ou via les mots-clefs fournis par l’auteur ou l’éditeur (qui ne sont pas nécessairement des mots-clefs MeSH). Ce sont les fameux articles qui apparaissent avec le mentions [PubMed - in process] ou [PubMed - as supplied by publisher].

Comment alors être sûr de récupérer jusqu’aux articles les plus récents sur votre sujet, ceux qui n’ont pas encore été indexés ? Le mieux est de lancer votre recherche via l’interface du CISMeF. En fonction des mots-clefs MeSH que vous aurez choisis (en français de surcroît, grâce à la traduction de l’INSERM), cette dernière va rajouter à l’équation de recherche tous les synonymes de vos termes (ceux qui apparaissent dans la fiche MeSH des termes que vous aurez sélectionnés) et les chercher dans les titres et résumés des articles en cours d’indexation.

Idée reçue n°6 : « Toutes les réalités médicales sont présentes dans le MeSH. »

Faux. Avec plus de 25 000 termes, le MeSH recouvre une bonne partie du vocabulaire médical, notamment pour l’anatomie, les maladies, les traitements… Mais il y a des choses que l’on ne trouve pas. Pour chercher des articles concernant un terme ou une expression introuvable dans le MeSH, il existe une astuce. Par exemple, le concept de « dose intégrale« , en radiothérapie, n’est pas répertorié dans le MeSH. Pour trouver des articles qui évoquent ce concept, il faut rentrer l’équation suivante : « integral dose » [TIAB]. Cela va indiquer à PubMed de chercher votre expression (tous les mots qui se suivent dans cet ordre) dans le titres ([TI] comme Title) et les résumés ([AB] comme Abstract) des articles présents dans la base. Et là, bingo, vous trouverez quand même des articles sur votre sujet.

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Différence entre revue systématique et méta-analyse

Mercredi 13 janvier 2010

Qui fait régulièrement des recherches dans PubMed  a déjà dû se demander, au moins au début, la différence entre « revue systématique » et « méta-analyse« .

Je viens enfin de trouver une définition à peu près claire (ici), qui distingue bien ces deux termes – et je me permets d’en donner une version francisée :

« Une revue systématique est une manière approfondie, globale et explicite d’interroger la littérature médicale. Elle comprend généralement plusieurs étapes, parmi lesquelles (1) poser une question à laquelle on puisse répondre (c’est souvent l’étape la plus difficile), (2) identifier une ou plusieurs bases de données à interroger, (3) élaborer une stratégie de recherche explicite, (4) sélectionner les titres, les résumés et les textes en se basant sur des critères explicites pour les retenir ou non et (5) synthétiser les données sous un format standardisé.

Une méta-analyse est une approche statistique visant à combiner les données issues d’une revue systématique. Toute méta-analyse devrait donc reposer sur une revue systématique sous-jacente, alors que toutes les revues systématiques ne donnent pas lieu à une méta-analyse. »

Mon anglais étant perfectible, je suis preneur pour toute amélioration de traduction !

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PubMed & Google sont-ils utiles aux étudiants en médecine ?

Vendredi 6 novembre 2009

Un étudiant me signale cet article (malheureusement pas en libre accès), qui tente de déterminer si l’usage de PubMed & Google aide à établir un diagnostic :

Do PubMed and Google searches help medical students and young doctors reach the correct diagnosis? A pilot study
by: Matthew E. Falagas, Fotinie Ntziora, Gregory C. Makris, George A. Malietzis, Petros I. Rafailidis
European Journal of Internal Medicine (17 October 2009)

doi:10.1016/j.ejim.2009.07.014

La réponse : oui, un peu, mais pas tant que ça. Espérons que des études complémentaires viendront creuser la question…

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Les filtres de PubMed

Vendredi 5 décembre 2008

Aujourd’hui, je profite de la réinscription d’un lecteur en banque de prêt pour lui présenter nos ressources électroniques. Ledit lecteur, un jeune chef de clinique, en profite pour me demander si notre université propose un filtre pour PubMed, à l’image de ce que fait l’APHP.

Effarement de ma part. Je ne vois pas du tout de quoi il parle. Et là le jeune professionnel de m’expliquer qu’il est possible de paramétrer dans son compte MyNCBI des filtres correspondant à l’institution dont on dépend.

Démonstration en image : je me connecte sur mon compte MyNCBI (que j’ai créé depuis longtemps, hein, comme tout bon médecin qui se respecte, et qui utilise PubMed quotidiennement).

Au milieu de la page, il y a la rubrique « Search Filters« . PubMed s’étonne, à juste titre, que je n’ai encore sélectionné aucun filtre, alors il me propose d’en ajouter. Je clique sur « Add Some » (ce qui me rappelle Duke Nukem et son « Come Get Some« , mais ceci est une autre histoire).

Bon, je sais, mes captures d’écran sont rikikis…

PubMed me demande ensuite sur quelle base je veux ajouter des filtres. Je choisis PubMed, bien évidemment, puisque c’est le sujet de la démonstration d’aujourd’hui (mais ce n’est que la première proposition en haut à gauche, il en existe plein d’autres, comme d’habitude avec la National Library of Medicine).

 On va dire que je suis un professionnel de l’APHP, par exemple, et que l’ordinateur de mon bureau est branché sur le réseau de cette vénérable institution. Je tape « assistance » dans la fenêtre de recherche, et je trouve le filtre « Assistance publique hôpitaux de Paris« . Je coche les deux cases tout en bas :

- la première rajoutera un onglet « APHP » à mes résultats de recherche dans PubMed. Si je trouve par exemple 25 000 références d’articles sur un sujet, dans l’onglet « APHP » je ne verrai plus que les articles parus dans des revues en ligne auxquelles est abonnée l’APHP (et pour lesquelles j’ai donc accès au full text en PDF depuis mon poste) ;

- la deuxième rajoute une icône APHP au bas des notices de résultats qui correspondent à un article paru (aussi) dans une revue à laquelle l’AP est abonnée (et si je clique sur l’icône, le PDF m’arrive tout cuit – toujours si je suis sur mon poste APHP, hein !).

Ci-dessous, une page de résultats (22 000 articles), avec deux onglets qui filtrent : l’un les ressources d’une université parisienne (4 300 résultats) et celles de l’APHP (le deuxième onglet, 1 600 références)

Ci-dessous, un exemple de résultat avec l’icône APHP qui pointe vers le PDF.

Bon, comme vous le voyez ci-dessus (ou pas, c’est tout petit), l’onglet APHP apparaît comme « ifrhplib » – on fait plus intuitif… Quant au premier onglet sur mes captures d’écran, il correspond aux ressources auxquelles sont abonnées les bibliothèques de l’université Paris 6 (UPMC) – choix totalement aléatoire dû à une main innocente que nous ne nommerons pas.

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La NLM nouvelle est arrivée

Vendredi 25 avril 2008

Signalé sur l’excellente liste Bibliosanté, par l’éminent M. Thirion :

Une nouvelle version révisée de la classification NLM (National Library of Medicine Classification) a été mise en ligne le 24 avril 2008, à l’adresse suivante : http://wwwcf.nlm.nih.gov/class/


26 nouvelles classes, 71 nouveaux termes du MeSH.

Enjoy !

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Une formation pour des D1, mais pas que !

Mercredi 2 avril 2008

Intervention ce jourd’hui pour des D1 en UE de master BIP. Présentation des ressources de nos bibliothèques, et des outils comme PubMed ou EndNote Web.

Enfin, c’est ce qu’on m’avait annoncé.

Première surprise une fois dans la place : peu de spectateurs aujourd’hui. Une vingtaine à tout casser. Apparemment, les D1 sont écartelés entre des cours et des stages divers, qui ne leur permettent pas d’être tous là. Heureusement, l’enseignement à distance est fait pour ça !

D’où ma deuxième surprise, constituée de plusieurs gâteries éparses : une webcam intégrée dans le portable qui me sert à faire défiler mon diaporama, et qui incruste ma trombine en haut à droite dudit diaporama. Un micro-cravate et un émetteur aux fesses, qui me donnent l’impression d’être un candidat de télé-réalité.

Troisième surprise : il n’y a pas que des D1 dans la salle (mais il y a des docteurs ;-) . On trouve aussi des internes, des thésards en sciences… Un public plus diversifié que prévu, mais attentif et intéressé (que demande le peuple ?). EndNote Web suscite un véritable intérêt… Les étudiants me demandent même quel logiciel est utilisé dans les facs de leurs copains, pour qu’ils puissent faire passer l’info…

Quatrième surprise, qui n’en est plus une : on me prend pour un étudiant en médecine (ou un médecin en goguette), tout ça parce que j’opine du chef à chaque fois que le médecin formateur dit un nom compliqué de maladie ou de partie anatomique. C’est toujours ça de pris pour l’égo ;-)

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Archives ouvertes : réponse du berger à la bergère

Mardi 8 janvier 2008

La STM (International Association of Scientific, Technical & Medical Publishers) s’est fendue d’un communiqué à propos de l’obligation désormais faite aux chercheurs financés par le NIH de déposer leurs articles dans des archives ouvertes.

Les éditeurs prennent acte de cette décision et regrettent que leur rôle positif ne soit pas davantage reconnu.

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Un cadeau de Noël pour les archives ouvertes

Vendredi 4 janvier 2008

Repéré sur Libre accès à l’information scientifique et technique…

Un cadeau de Noël annoncé avec un peu de retard : comme évoqué lors d’un billet octobrien, la loi américaine oblige désormais les chercheurs dont les travaux ont été financés par les National Institute of Health à déposer leurs articles dans PubMed Central, dans les 12 mois suivants la date officielle de première publication. Le texte définitif a été signé par le président Deubeuliou le 26 décembre – malgré le lobbying des éditeurs.

Un pas de plus vers les archives ouvertes en médecine !?

En tout cas, une bonne occasion de vous souhaiter mes voeux pour 2008 !

(Voir aussi ici : http://www.earlham.edu/~peters/fos/2007/12/oa-mandate-at-nih-now-law.html)

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Mes premiers P2

Lundi 10 décembre 2007

Aujourd’hui, première séance de formation avec des P2 – une soixantaine, dans le cadre de l’une de leurs UE de master, parmi les 4 qu’ils doivent suivre en P2/D1 – le seul petit bout de LMD actuellement présent dans les études de médecine.

Formation un peu au débotté, puisque je n’ai été prévenu que vendredi. Pas le temps donc de préparer un diaporama digne de ce nom, ni de réviser mon PubMed… Et puis les pauvres n’avaient même pas d’ordinateur, ils étaient obligés de suivre mes manip’ sur le vidéoprojecteur.

J’avais un a-priori : je me disais que des P2 seraient moins attentifs que des paramédicaux (pour le moment, je n’avais formé que des psychomotriciens). Hé ben, non, ils avaient l’air intéressés (faut dire que leur prof était là aussi, pour les remotiver au besoin).

Par de grande surprise par contre, au niveau de leurs connaissances en matière de recherche documentaire. S’ils connaissent la bibliothèque, personne n’a jamais vraiment consulté le catalogue local (ne parlons même pas du SUDOC !). J’aurais bien montré EndNote Web sur la lancée, mais mon identifiant ne marchait pas – ce qui n’est peut-être pas plus mal, vu les intitulés de recherche débile sur lesquels j’avais fait mes tests…

Une bonne nouvelle : sans que ce soit obligatoire, il est fortement conseillé aux enseignants d’imposer la rédaction d’un mémoire au cours de ces UE de master. En bref, ce sont tous les P2/D1 qui pourraient s’avérer intéressés par une initiation à la maîtrise de l’information et à la gestion de bibliographies…

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La médecine en archives ouvertes

Lundi 29 octobre 2007

Le 23 octobre dernier, le sénat américain a adopté une disposition favorisant le développement des archives ouvertes en médecine : les articles rendant compte de recherches financées par le NIH (National Institutes of Health) devraient être déposés dans l’archive ouverte PubMed, dans un délai maximum de 12 mois après leur publication en revue.

Comme le NIH est la plus importante source de financement de la recherche biomédicale aux États-Unis, ça peut faire du monde. Et cela concrétiserait l’idée que les articles rendant compte de recherches financées sur fonds publics doivent être accessibles à tous. Comme l’INSERM s’inspire souvent de la politique du NIH pour les archives ouvertes, la mesure pourrait être exportée ailleurs dans le monde.

Cette décision intervient dans le cadre d’un processus législatif qui n’est malheureusement pas encore achevé – le texte doit repasser devant une commission paritaire et être validé par Deubeuliou. Le lobbying du très discutable PRISM (Partnership for Research Integrity in Science and Medicine) peut donc encore faire capoter cette mesure. Ce ne seraient pas ces éditeurs qui ont l’air de croire que les bibliothèques (entre autres) sont des vaches à lait ?

Information obtenue via la dépêche du GFII (groupement français de l’industrie de l’information).

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