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Quelques idées reçues sur MedLine / PubMed

Mardi 28 août 2012

À la suite de discussions avec certains collègues, un petit florilège d’idées reçues sur PubMed / MedLine :

Idée reçue n°1 : « Tout ce qui paraît en médecine est indexé dans MedLine. »

Faux. On estime à 40% le taux de littérature biomédicale dont les articles sont indexés par MedLine (zut, j’ai perdu la référence exacte de ce chiffre). Les articles de 5 000 revues biomédicales sont répertoriés, ce qui est déjà respectable, mais tout n’y est pas.

Idée reçue n°2 : « Si je cherche en français dans PubMed, je vais trouver les articles français. »

Faux. Les références des articles sont retraduites en anglais avant d’être indexées dans MedLine, et notamment le titre (qui apparaît alors entre crochets quand l’anglais n’est pas la langue d’origine). De manière générale, ce n’est jamais une bonne idée de chercher avec des mots-clefs français sur PubMed. Vu la masse d’articles recensés, on trouvera forcément quelques papiers en procédant de la sorte, car il reste toujours des scories non traduites dans certaines références. Sur les 5 000 revues indexées, on ne trouve qu’une centaine de périodiques en français.

Par contre, si vous avez trouvé une référence d’article français, et que le PDF est accessible via PubMed, le texte que vous consulterez sera bien en français. Les gens de la NLM ne poussent pas le vice jusqu’à traduire les articles en anglais. Inversement, PubMed ne traduit pas les articles anglais en français. Ni aucun autre outil d’ailleurs, au grand dam des étudiants qui posent régulièrement la question en formation… Les traducteurs automatiques qui existent ne donnent jamais de résultats satisfaisants, même s’ils permettent de saisir parfois l’idée générale d’un texte dans un idiome qu’on ne maîtrise pas du tout.

Idée reçue n°3 : « Si la revue est indexée dans MedLine, c’est une publication de qualité. »

Souvent vrai, parfois faux. Si la plupart des revues répertoriées sont de qualité, il y en a aussi qui n’ont que très peu à voir avec la recherche. Des revues avec de belles photos en couleur, où l’on déniche parfois quelques lignes de textes entre les pleines pages de publicité (non, non, je ne citerai pas de noms !).

Idée reçue n°4 : « Tous les articles sont accessibles en PDF sur PubMed. »

Faux. Déjà, tous les articles n’existent pas en format numérique. Si une icône apparaît en haut à droite de la notice, vous avez de la chance, l’article existe en numérique, et en cliquant sur l’icône vous pourrez y accéder… mais pas toujours gratuitement ! On estime à environ 25% du total les articles dont le contenu est accessible gratuitement en ligne via PubMed. Il s’agit de textes déposés dans des archives ouvertes ou publiés dans des revues en Free Access. Pour le reste, vous devrez vous contenter d’un résumé, dans le meilleur des cas. À moins de bénéficier d’un accès institutionnel qui vous fournira les articles des revues payantes pour lesquelles votre institution a contracté un abonnement.

Idée reçue n°5 : « Tous les articles sont indexés avec des mots-clefs du Mesh » ou « En faisant une recherche PubMed avec les mots-clefs du Mesh je vais trouver tous les articles sur mon sujet. »

Faux. Dans PubMed, les références sont visibles avant même qu’elles n’aient été indexées avec les mots clefs MeSH qui vont bien. On ne peut alors les trouver que par les mots qui apparaissent notamment dans le titre ou le résumé, ou via les mots-clefs fournis par l’auteur ou l’éditeur (qui ne sont pas nécessairement des mots-clefs MeSH). Ce sont les fameux articles qui apparaissent avec le mentions [PubMed - in process] ou [PubMed - as supplied by publisher].

Comment alors être sûr de récupérer jusqu’aux articles les plus récents sur votre sujet, ceux qui n’ont pas encore été indexés ? Le mieux est de lancer votre recherche via l’interface du CISMeF. En fonction des mots-clefs MeSH que vous aurez choisis (en français de surcroît, grâce à la traduction de l’INSERM), cette dernière va rajouter à l’équation de recherche tous les synonymes de vos termes (ceux qui apparaissent dans la fiche MeSH des termes que vous aurez sélectionnés) et les chercher dans les titres et résumés des articles en cours d’indexation.

Idée reçue n°6 : « Toutes les réalités médicales sont présentes dans le MeSH. »

Faux. Avec plus de 25 000 termes, le MeSH recouvre une bonne partie du vocabulaire médical, notamment pour l’anatomie, les maladies, les traitements… Mais il y a des choses que l’on ne trouve pas. Pour chercher des articles concernant un terme ou une expression introuvable dans le MeSH, il existe une astuce. Par exemple, le concept de « dose intégrale« , en radiothérapie, n’est pas répertorié dans le MeSH. Pour trouver des articles qui évoquent ce concept, il faut rentrer l’équation suivante : « integral dose » [TIAB]. Cela va indiquer à PubMed de chercher votre expression (tous les mots qui se suivent dans cet ordre) dans le titres ([TI] comme Title) et les résumés ([AB] comme Abstract) des articles présents dans la base. Et là, bingo, vous trouverez quand même des articles sur votre sujet.

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Un été à la BIUM

Vendredi 2 juillet 2010

À l’orée des grandes vacances, je me permets de reproduire ci-dessous le tableau très utile établi chaque année par la BIUM, qui recense les dates de fermeture des bibliothèques médicales en Île-de-France pendant l’été.

Si jamais les auteurs de ce fichier ne veulent pas que je le laisse en ligne, qu’ils me le disent maintenant, ou qu’ils se taisent à jamais. Car je n’ai pas les droits dessus, et c’est un gros boulot que de réaliser ce recensement annuel. Mais comme c’est aussi d’utilité publique, je me permets de le reproduire quand même.

Fermeture estivale 2010

Bibliothèques d’Île-de France :
médecine, pharmacie, odontologie, psychologie

Bibliothèque

Du inclus

Au inclus

Autre fermeture Commentaires
BIUM

Pas de fermeture

*Tous les samedis d’août

* Histoire de la médecine :

fermée du 24/07 au 15/08

Horaires :

du 26/07 au 13/08 : 10h-18h

BIUP

31/07

22/08

Les samedis 17 et 24/07, les samedis d’août Horaires :

du 19/07 au 30/07 : 9h-17h

du 23/08 au 27/08 : 9h-17h

Académie nationale de médecine

30/07

31/08

Paris-Descartes Cochin 19/07

22/08

Horaires :

du 01/07 au 30/09 : 9h30-19h, du lundi au vendredi

Paris-Descartes Cordeliers

26/07

31/08

Horaires :

du 1/06 au 30/06 : 9h30-22h, du lundi au vendredi ; 9h-12h le samedi

à partir du 1/07 : 9h30-19h, du lundi au vendredi

Paris-Descartes HEGP

Pas de fermeture

Horaires :

10h-19h du 01/07 au 31/08, du lundi au vendredi

Paris-Descartes Necker

Fermeture

Paris-Descartes Montrouge

26/07

01/09

Horaires :

9h-18h, de juillet à septembre

Paris-Descartes Henri Piéron

24/07

22/08

Horaires :

du 21/06 au 23/07, et du 23/08 au 17/09  : 10h-18h

UPMC Pitié Salpêtrière

31/07

05/09

Fermeture du 30/06 au 02/07

+ éventuels travaux pour mise en sécurité incendie

Horaires :

jusqu’au 30/06 : 9h-23h

du 01/07 au 30/07 et du 30/08 au 3/09 : 9h-17h30 du lundi au vendredi

à partir du 06/09 : 9h-23h

UPMC Saint-Antoine

31/07

29/08

Horaires :

jusqu’au 30/06      : 9h-22h

les 01/07 et 02/07 : 9h-19h

du 05/07 au 30/07 et du 30/08 au 03/09 : 9h-17h30, du lundi au vendredi

à partir du 06/09   : 9h-22h

UPMC Saint-Antoine Axial

24/07

29/08

Horaires :

du 01/07 au 23/07 :  9h-18h, du lundi au vendredi

UPMC Tenon

24/07

29/08

Horaires :

du 01/07 au 23/07 : 9h-18h, du lundi au vendredi

UPMC Trousseau

24/07

30/08

Horaires :

9h-13h et 14h-17h, du lundi au vendredi

UPMC J. Delarue / Dechaume

24/07

32908

Horaires :

9h30-17h30, du lundi au vendredi

UPMC Charcot

Fermeture

Paris 7 Bichat

26/07

20/08

Horaires :

du 01/07 au 23/07 : 9h-18h

du 23/08 au 27/08 : 9h-17h

Paris 7 Villemin

29/07

29/08

Horaires :

à partir du 18/06, pas de nocturne. Ouverture de 10h à 19h

reprise des nocturnes : le 27/09

Paris 7 Odontologie

01/07

17/10

Paris 7 Robert Debré

Pas de fermeture

Horaires :

du 01/07 au 30/07 : 9h30–18h00 le lundi, mardi, vendredi ; et 9h30-18h30 le mercredi et jeudi

du 02/08 au 31/08 : 9h30-17h30, du lundi au vendredi

Paris 11 Kremlin-Bicêtre

19/07

20/08

Horaires :

du 14/06 au 16/07, et du 23/08 au 02/10 : 9h-18h

Paris 11 Béclère

19/07

20/08

Paris 11 Chatenay-Malabry

31/07

29/08

Horaires :

du 15/07 au 30/07, et du 30/08 au 03/09 : 9h-17h

du 06/09 au 10/09 : 9h-18h

à partir du 13/09 : 9h-19h, du lundi au vendredi

Paris 12 Créteil

260/07

25/08

Horaires :

du  14/06 au 23/07 et du 26/08 au 10/09 : 9h-20h

Paris 13 Bobigny

19/07

31/08

Horaires :

du 14/06 au 30/06 : 9h-18h30 le lundi, mercredi, jeudi, vendredi ; 11h-18h30 le mardi

du 01/07 au 16/07 : 9h-17h le lundi, mercredi, jeudi et vendredi ; 11h-17h le mardi

Versailles – St Quentin : site de Guyancourt

28/06

17/07

01/07

22/08

Horaires :

du 14/06 au 14/09 : 9h-18h, du lundi au vendredi

Versailles A. Paré Boulogne

17/07

22/08

Horaires :

Du 25/06 au 16/07, et du 23/08 au 31/08 :

9h30-17h30

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Une photo vaut mieux qu’un long discours

Jeudi 11 mars 2010

« Vous avez de l’urologie pédiatrique ? »

« Oui, mademoiselle, nous devons avoir ça en magasin. Vous avez une référence précise ? »

« Oui, un livre que j’ai repéré dans une autre bibliothèque »

« Vous avez noté ça sur un papier »

« Non… Mais j’ai une photo de la couverture… prise avec mon Iphone. »

« On me l’avait jamais fait celle-là ! Mais c’est vrai que c’est pratique. Ouah, non seulement je vois le titre, les deux auteurs, et même la couleur et le lettrage de la couverture. Ah ben oui, il est là, en WS 320. Comme ça, on l’a reconnu tout de suite sur l’étagère. La classe ! »

Il n’y a pas encore une application Iphone qui scanne le code-barre et interroge aussitôt le catalogue idoine ? J’ai du mal à le croire !

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On n’est jamais mieux servi que par soi-même…

Jeudi 23 juillet 2009

Ou pas !

Stupeur en cherchant l’adresse exacte de Google Scholar sur… Google :

Le premier lien n’est pas Google Scholar, mais un tutoriel de l’URFIST sur ledit moteur de recherche !

Griller la politesse à Google sur son propre terrain, chapeau !

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Valider l’information médicale sur Internet

Mercredi 1 juillet 2009

Intéressant plugin Firefox, à signaler aux étudiants en médecine, aux médecins et aux patients (au moment où sort l’excellente version 3.5 du panda roux) :

Le plugin HON Code

Comme son nom l’indique, cette extension est liée à la fondation suisse HON (Health on Net), chargée par notre haute autorité de Santé (HAS) de certifier les sites médicaux qui en font la demande. Pour rappel, les sites qui sollicitent et obtiennent la certification HON s’engagent à respecter une charte de 8 critères de fiabilité et transparence (citation des sources de l’information, de la qualité des rédacteurs, des éventuels conflits d’intérêt, du secret médical, etc.).

Une fois l’extension installée, vous bénéficiez, entre autres :

- d’une icône HON Code qui se rajoute dans le haut du navigateur, et qui « s’allume » discrètement quand vous naviguez sur un site certifié ;

- d’une icône HON Code devant chaque résultat d’une page Google correspondant à un site certifié.

Très pratique pour choisir tout de suite des sites de confiance !

Et vous, vous connaissez d’autres extensions Firefox utiles en médecine ?

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Les filtres de PubMed

Vendredi 5 décembre 2008

Aujourd’hui, je profite de la réinscription d’un lecteur en banque de prêt pour lui présenter nos ressources électroniques. Ledit lecteur, un jeune chef de clinique, en profite pour me demander si notre université propose un filtre pour PubMed, à l’image de ce que fait l’APHP.

Effarement de ma part. Je ne vois pas du tout de quoi il parle. Et là le jeune professionnel de m’expliquer qu’il est possible de paramétrer dans son compte MyNCBI des filtres correspondant à l’institution dont on dépend.

Démonstration en image : je me connecte sur mon compte MyNCBI (que j’ai créé depuis longtemps, hein, comme tout bon médecin qui se respecte, et qui utilise PubMed quotidiennement).

Au milieu de la page, il y a la rubrique « Search Filters« . PubMed s’étonne, à juste titre, que je n’ai encore sélectionné aucun filtre, alors il me propose d’en ajouter. Je clique sur « Add Some » (ce qui me rappelle Duke Nukem et son « Come Get Some« , mais ceci est une autre histoire).

Bon, je sais, mes captures d’écran sont rikikis…

PubMed me demande ensuite sur quelle base je veux ajouter des filtres. Je choisis PubMed, bien évidemment, puisque c’est le sujet de la démonstration d’aujourd’hui (mais ce n’est que la première proposition en haut à gauche, il en existe plein d’autres, comme d’habitude avec la National Library of Medicine).

 On va dire que je suis un professionnel de l’APHP, par exemple, et que l’ordinateur de mon bureau est branché sur le réseau de cette vénérable institution. Je tape « assistance » dans la fenêtre de recherche, et je trouve le filtre « Assistance publique hôpitaux de Paris« . Je coche les deux cases tout en bas :

- la première rajoutera un onglet « APHP » à mes résultats de recherche dans PubMed. Si je trouve par exemple 25 000 références d’articles sur un sujet, dans l’onglet « APHP » je ne verrai plus que les articles parus dans des revues en ligne auxquelles est abonnée l’APHP (et pour lesquelles j’ai donc accès au full text en PDF depuis mon poste) ;

- la deuxième rajoute une icône APHP au bas des notices de résultats qui correspondent à un article paru (aussi) dans une revue à laquelle l’AP est abonnée (et si je clique sur l’icône, le PDF m’arrive tout cuit – toujours si je suis sur mon poste APHP, hein !).

Ci-dessous, une page de résultats (22 000 articles), avec deux onglets qui filtrent : l’un les ressources d’une université parisienne (4 300 résultats) et celles de l’APHP (le deuxième onglet, 1 600 références)

Ci-dessous, un exemple de résultat avec l’icône APHP qui pointe vers le PDF.

Bon, comme vous le voyez ci-dessus (ou pas, c’est tout petit), l’onglet APHP apparaît comme « ifrhplib » – on fait plus intuitif… Quant au premier onglet sur mes captures d’écran, il correspond aux ressources auxquelles sont abonnées les bibliothèques de l’université Paris 6 (UPMC) – choix totalement aléatoire dû à une main innocente que nous ne nommerons pas.

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Une extension Firefox pour le formateur

Lundi 27 octobre 2008

Être formateur en bibliothèque, cela implique de mettre sur pied des diaporamas pour une multitude de sujets. Car quand on présente les ressources de son portail, ou divers sites Internet à des étudiants, mieux vaut avoir un diaporama dans sa manche.

Non seulement pour savoir ce que l’on va dire, et dans quel ordre. Mais aussi pour pallier les inévitables défaillances techniques. Je me souviens d’une de mes premières formations, l’an passé, où je devais présenter notre portail… qui n’a pas daigné fonctionner une heure durant. Heureusement que j’avais des captures d’écrans à présenter aux étudiants !

Et ce n’est pas tout de créer un diaporama, encore faut-il le mettre à jour. PubMed ajoute sans cesse de nouvelles fonctionnalités à son interface. Pascal abandonne l’interface WebSpirs pour passer sous Ovid SP, etc. Autant de diapos qu’il faut reprendre en catastrophe.

Du coup, réaliser des captures d’écran est une activité quasi-quotidienne. Pour ce faire, j’utilisais jusqu’à présent l’excellent logiciel gratuit Paint.net. Mais une extension Firefox a, une nouvelle fois, changé ma vie.

Il s’agit de Screengrab, qui vient se loger discrètement en bas de votre fenêtre de navigateur. Et là, un clic suffit (sur cette icône en bas, ou un clic droit) pour, au choix :

- faire une capture d’écran de la page active, dans sa totalité ;

- ou bien seulement la partie qui apparaît à l’écran ;

- ou bien seulement une toute petite partie de la page, qu’on sélectionne à la souris.

Le tout est envoyé dans le presse-papier, ou directement sauvegardé sous la forme d’un fichier image dont vous déterminerez le format. Plus besoin de passer par un logiciel tiers, aussi simple et excellent soit-il.

Enjoy !

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