Articles avec le tag ‘archives ouvertes’

Quelques idées reçues sur MedLine / PubMed

Mardi 28 août 2012

À la suite de discussions avec certains collègues, un petit florilège d’idées reçues sur PubMed / MedLine :

Idée reçue n°1 : « Tout ce qui paraît en médecine est indexé dans MedLine. »

Faux. On estime à 40% le taux de littérature biomédicale dont les articles sont indexés par MedLine (zut, j’ai perdu la référence exacte de ce chiffre). Les articles de 5 000 revues biomédicales sont répertoriés, ce qui est déjà respectable, mais tout n’y est pas.

Idée reçue n°2 : « Si je cherche en français dans PubMed, je vais trouver les articles français. »

Faux. Les références des articles sont retraduites en anglais avant d’être indexées dans MedLine, et notamment le titre (qui apparaît alors entre crochets quand l’anglais n’est pas la langue d’origine). De manière générale, ce n’est jamais une bonne idée de chercher avec des mots-clefs français sur PubMed. Vu la masse d’articles recensés, on trouvera forcément quelques papiers en procédant de la sorte, car il reste toujours des scories non traduites dans certaines références. Sur les 5 000 revues indexées, on ne trouve qu’une centaine de périodiques en français.

Par contre, si vous avez trouvé une référence d’article français, et que le PDF est accessible via PubMed, le texte que vous consulterez sera bien en français. Les gens de la NLM ne poussent pas le vice jusqu’à traduire les articles en anglais. Inversement, PubMed ne traduit pas les articles anglais en français. Ni aucun autre outil d’ailleurs, au grand dam des étudiants qui posent régulièrement la question en formation… Les traducteurs automatiques qui existent ne donnent jamais de résultats satisfaisants, même s’ils permettent de saisir parfois l’idée générale d’un texte dans un idiome qu’on ne maîtrise pas du tout.

Idée reçue n°3 : « Si la revue est indexée dans MedLine, c’est une publication de qualité. »

Souvent vrai, parfois faux. Si la plupart des revues répertoriées sont de qualité, il y en a aussi qui n’ont que très peu à voir avec la recherche. Des revues avec de belles photos en couleur, où l’on déniche parfois quelques lignes de textes entre les pleines pages de publicité (non, non, je ne citerai pas de noms !).

Idée reçue n°4 : « Tous les articles sont accessibles en PDF sur PubMed. »

Faux. Déjà, tous les articles n’existent pas en format numérique. Si une icône apparaît en haut à droite de la notice, vous avez de la chance, l’article existe en numérique, et en cliquant sur l’icône vous pourrez y accéder… mais pas toujours gratuitement ! On estime à environ 25% du total les articles dont le contenu est accessible gratuitement en ligne via PubMed. Il s’agit de textes déposés dans des archives ouvertes ou publiés dans des revues en Free Access. Pour le reste, vous devrez vous contenter d’un résumé, dans le meilleur des cas. À moins de bénéficier d’un accès institutionnel qui vous fournira les articles des revues payantes pour lesquelles votre institution a contracté un abonnement.

Idée reçue n°5 : « Tous les articles sont indexés avec des mots-clefs du Mesh » ou « En faisant une recherche PubMed avec les mots-clefs du Mesh je vais trouver tous les articles sur mon sujet. »

Faux. Dans PubMed, les références sont visibles avant même qu’elles n’aient été indexées avec les mots clefs MeSH qui vont bien. On ne peut alors les trouver que par les mots qui apparaissent notamment dans le titre ou le résumé, ou via les mots-clefs fournis par l’auteur ou l’éditeur (qui ne sont pas nécessairement des mots-clefs MeSH). Ce sont les fameux articles qui apparaissent avec le mentions [PubMed - in process] ou [PubMed - as supplied by publisher].

Comment alors être sûr de récupérer jusqu’aux articles les plus récents sur votre sujet, ceux qui n’ont pas encore été indexés ? Le mieux est de lancer votre recherche via l’interface du CISMeF. En fonction des mots-clefs MeSH que vous aurez choisis (en français de surcroît, grâce à la traduction de l’INSERM), cette dernière va rajouter à l’équation de recherche tous les synonymes de vos termes (ceux qui apparaissent dans la fiche MeSH des termes que vous aurez sélectionnés) et les chercher dans les titres et résumés des articles en cours d’indexation.

Idée reçue n°6 : « Toutes les réalités médicales sont présentes dans le MeSH. »

Faux. Avec plus de 25 000 termes, le MeSH recouvre une bonne partie du vocabulaire médical, notamment pour l’anatomie, les maladies, les traitements… Mais il y a des choses que l’on ne trouve pas. Pour chercher des articles concernant un terme ou une expression introuvable dans le MeSH, il existe une astuce. Par exemple, le concept de « dose intégrale« , en radiothérapie, n’est pas répertorié dans le MeSH. Pour trouver des articles qui évoquent ce concept, il faut rentrer l’équation suivante : « integral dose » [TIAB]. Cela va indiquer à PubMed de chercher votre expression (tous les mots qui se suivent dans cet ordre) dans le titres ([TI] comme Title) et les résumés ([AB] comme Abstract) des articles présents dans la base. Et là, bingo, vous trouverez quand même des articles sur votre sujet.

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Archives ouvertes : réponse du berger à la bergère

Mardi 8 janvier 2008

La STM (International Association of Scientific, Technical & Medical Publishers) s’est fendue d’un communiqué à propos de l’obligation désormais faite aux chercheurs financés par le NIH de déposer leurs articles dans des archives ouvertes.

Les éditeurs prennent acte de cette décision et regrettent que leur rôle positif ne soit pas davantage reconnu.

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Un cadeau de Noël pour les archives ouvertes

Vendredi 4 janvier 2008

Repéré sur Libre accès à l’information scientifique et technique…

Un cadeau de Noël annoncé avec un peu de retard : comme évoqué lors d’un billet octobrien, la loi américaine oblige désormais les chercheurs dont les travaux ont été financés par les National Institute of Health à déposer leurs articles dans PubMed Central, dans les 12 mois suivants la date officielle de première publication. Le texte définitif a été signé par le président Deubeuliou le 26 décembre – malgré le lobbying des éditeurs.

Un pas de plus vers les archives ouvertes en médecine !?

En tout cas, une bonne occasion de vous souhaiter mes voeux pour 2008 !

(Voir aussi ici : http://www.earlham.edu/~peters/fos/2007/12/oa-mandate-at-nih-now-law.html)

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Ici Londres !

Mercredi 12 décembre 2007

Pour ceux qui ne sont pas abonnés à la liste ADBS-Info, un appel vient d’être passé par BioMed Central.

BioMed Central, c’est cet éditeur britannique spécialisée dans les revues en libre accès (180 titres à ce jour, en biologie, chimie, médecine, physique).
Sans parler de leur outil d’évaluation par les pairs, Faculty of 1000 dont il faudrait que je creuse le fonctionnement.

Et l’argumentaire utilisé est des plus séduisants :

Comme vous le savez, l’accès à l’information scientifique est aujourd’hui en état de crise: – les bibliothèques en ont assez de payer des abonnements à prix exorbitants – l’argent des contribuables est dépensé pour le financement des recherches médicales et scientifiques, mais ils ne peuvent pas accéder aux résultats des recherches effectuées – les scientifiques se plaignent de devoir transmettre leurs droits d’auteur à l’éditeur

Il existe une solution à ces problèmes: le libre accès à la littérature scientifique (Open Access): – une économie substantielle sur les abonnements aux institutions et à leurs bibliothèques – les articles de recherche publiés en libre sont accessibles gratuitement à tous – les scientifiques conservent leurs droits d’auteur

Mais c’est un appel à quoi, finalement, sur ADBS-Info ?

Hé ben, on ne sait pas trop. C’est plutôt de la publicité, dirait-on – mais une publicité charmante, comme on aimerait en voir plus souvent, pour promouvoir les archives ouvertes en médecine !

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La médecine en archives ouvertes

Lundi 29 octobre 2007

Le 23 octobre dernier, le sénat américain a adopté une disposition favorisant le développement des archives ouvertes en médecine : les articles rendant compte de recherches financées par le NIH (National Institutes of Health) devraient être déposés dans l’archive ouverte PubMed, dans un délai maximum de 12 mois après leur publication en revue.

Comme le NIH est la plus importante source de financement de la recherche biomédicale aux États-Unis, ça peut faire du monde. Et cela concrétiserait l’idée que les articles rendant compte de recherches financées sur fonds publics doivent être accessibles à tous. Comme l’INSERM s’inspire souvent de la politique du NIH pour les archives ouvertes, la mesure pourrait être exportée ailleurs dans le monde.

Cette décision intervient dans le cadre d’un processus législatif qui n’est malheureusement pas encore achevé – le texte doit repasser devant une commission paritaire et être validé par Deubeuliou. Le lobbying du très discutable PRISM (Partnership for Research Integrity in Science and Medicine) peut donc encore faire capoter cette mesure. Ce ne seraient pas ces éditeurs qui ont l’air de croire que les bibliothèques (entre autres) sont des vaches à lait ?

Information obtenue via la dépêche du GFII (groupement français de l’industrie de l’information).

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