Articles avec le tag ‘MedLine’

Quelques idées reçues sur MedLine / PubMed

Mardi 28 août 2012

À la suite de discussions avec certains collègues, un petit florilège d’idées reçues sur PubMed / MedLine :

Idée reçue n°1 : « Tout ce qui paraît en médecine est indexé dans MedLine. »

Faux. On estime à 40% le taux de littérature biomédicale dont les articles sont indexés par MedLine (zut, j’ai perdu la référence exacte de ce chiffre). Les articles de 5 000 revues biomédicales sont répertoriés, ce qui est déjà respectable, mais tout n’y est pas.

Idée reçue n°2 : « Si je cherche en français dans PubMed, je vais trouver les articles français. »

Faux. Les références des articles sont retraduites en anglais avant d’être indexées dans MedLine, et notamment le titre (qui apparaît alors entre crochets quand l’anglais n’est pas la langue d’origine). De manière générale, ce n’est jamais une bonne idée de chercher avec des mots-clefs français sur PubMed. Vu la masse d’articles recensés, on trouvera forcément quelques papiers en procédant de la sorte, car il reste toujours des scories non traduites dans certaines références. Sur les 5 000 revues indexées, on ne trouve qu’une centaine de périodiques en français.

Par contre, si vous avez trouvé une référence d’article français, et que le PDF est accessible via PubMed, le texte que vous consulterez sera bien en français. Les gens de la NLM ne poussent pas le vice jusqu’à traduire les articles en anglais. Inversement, PubMed ne traduit pas les articles anglais en français. Ni aucun autre outil d’ailleurs, au grand dam des étudiants qui posent régulièrement la question en formation… Les traducteurs automatiques qui existent ne donnent jamais de résultats satisfaisants, même s’ils permettent de saisir parfois l’idée générale d’un texte dans un idiome qu’on ne maîtrise pas du tout.

Idée reçue n°3 : « Si la revue est indexée dans MedLine, c’est une publication de qualité. »

Souvent vrai, parfois faux. Si la plupart des revues répertoriées sont de qualité, il y en a aussi qui n’ont que très peu à voir avec la recherche. Des revues avec de belles photos en couleur, où l’on déniche parfois quelques lignes de textes entre les pleines pages de publicité (non, non, je ne citerai pas de noms !).

Idée reçue n°4 : « Tous les articles sont accessibles en PDF sur PubMed. »

Faux. Déjà, tous les articles n’existent pas en format numérique. Si une icône apparaît en haut à droite de la notice, vous avez de la chance, l’article existe en numérique, et en cliquant sur l’icône vous pourrez y accéder… mais pas toujours gratuitement ! On estime à environ 25% du total les articles dont le contenu est accessible gratuitement en ligne via PubMed. Il s’agit de textes déposés dans des archives ouvertes ou publiés dans des revues en Free Access. Pour le reste, vous devrez vous contenter d’un résumé, dans le meilleur des cas. À moins de bénéficier d’un accès institutionnel qui vous fournira les articles des revues payantes pour lesquelles votre institution a contracté un abonnement.

Idée reçue n°5 : « Tous les articles sont indexés avec des mots-clefs du Mesh » ou « En faisant une recherche PubMed avec les mots-clefs du Mesh je vais trouver tous les articles sur mon sujet. »

Faux. Dans PubMed, les références sont visibles avant même qu’elles n’aient été indexées avec les mots clefs MeSH qui vont bien. On ne peut alors les trouver que par les mots qui apparaissent notamment dans le titre ou le résumé, ou via les mots-clefs fournis par l’auteur ou l’éditeur (qui ne sont pas nécessairement des mots-clefs MeSH). Ce sont les fameux articles qui apparaissent avec le mentions [PubMed - in process] ou [PubMed - as supplied by publisher].

Comment alors être sûr de récupérer jusqu’aux articles les plus récents sur votre sujet, ceux qui n’ont pas encore été indexés ? Le mieux est de lancer votre recherche via l’interface du CISMeF. En fonction des mots-clefs MeSH que vous aurez choisis (en français de surcroît, grâce à la traduction de l’INSERM), cette dernière va rajouter à l’équation de recherche tous les synonymes de vos termes (ceux qui apparaissent dans la fiche MeSH des termes que vous aurez sélectionnés) et les chercher dans les titres et résumés des articles en cours d’indexation.

Idée reçue n°6 : « Toutes les réalités médicales sont présentes dans le MeSH. »

Faux. Avec plus de 25 000 termes, le MeSH recouvre une bonne partie du vocabulaire médical, notamment pour l’anatomie, les maladies, les traitements… Mais il y a des choses que l’on ne trouve pas. Pour chercher des articles concernant un terme ou une expression introuvable dans le MeSH, il existe une astuce. Par exemple, le concept de « dose intégrale« , en radiothérapie, n’est pas répertorié dans le MeSH. Pour trouver des articles qui évoquent ce concept, il faut rentrer l’équation suivante : « integral dose » [TIAB]. Cela va indiquer à PubMed de chercher votre expression (tous les mots qui se suivent dans cet ordre) dans le titres ([TI] comme Title) et les résumés ([AB] comme Abstract) des articles présents dans la base. Et là, bingo, vous trouverez quand même des articles sur votre sujet.

  • Share/Bookmark

PubMed & Google sont-ils utiles aux étudiants en médecine ?

Vendredi 6 novembre 2009

Un étudiant me signale cet article (malheureusement pas en libre accès), qui tente de déterminer si l’usage de PubMed & Google aide à établir un diagnostic :

Do PubMed and Google searches help medical students and young doctors reach the correct diagnosis? A pilot study
by: Matthew E. Falagas, Fotinie Ntziora, Gregory C. Makris, George A. Malietzis, Petros I. Rafailidis
European Journal of Internal Medicine (17 October 2009)

doi:10.1016/j.ejim.2009.07.014

La réponse : oui, un peu, mais pas tant que ça. Espérons que des études complémentaires viendront creuser la question…

  • Share/Bookmark

Les filtres de PubMed

Vendredi 5 décembre 2008

Aujourd’hui, je profite de la réinscription d’un lecteur en banque de prêt pour lui présenter nos ressources électroniques. Ledit lecteur, un jeune chef de clinique, en profite pour me demander si notre université propose un filtre pour PubMed, à l’image de ce que fait l’APHP.

Effarement de ma part. Je ne vois pas du tout de quoi il parle. Et là le jeune professionnel de m’expliquer qu’il est possible de paramétrer dans son compte MyNCBI des filtres correspondant à l’institution dont on dépend.

Démonstration en image : je me connecte sur mon compte MyNCBI (que j’ai créé depuis longtemps, hein, comme tout bon médecin qui se respecte, et qui utilise PubMed quotidiennement).

Au milieu de la page, il y a la rubrique « Search Filters« . PubMed s’étonne, à juste titre, que je n’ai encore sélectionné aucun filtre, alors il me propose d’en ajouter. Je clique sur « Add Some » (ce qui me rappelle Duke Nukem et son « Come Get Some« , mais ceci est une autre histoire).

Bon, je sais, mes captures d’écran sont rikikis…

PubMed me demande ensuite sur quelle base je veux ajouter des filtres. Je choisis PubMed, bien évidemment, puisque c’est le sujet de la démonstration d’aujourd’hui (mais ce n’est que la première proposition en haut à gauche, il en existe plein d’autres, comme d’habitude avec la National Library of Medicine).

 On va dire que je suis un professionnel de l’APHP, par exemple, et que l’ordinateur de mon bureau est branché sur le réseau de cette vénérable institution. Je tape « assistance » dans la fenêtre de recherche, et je trouve le filtre « Assistance publique hôpitaux de Paris« . Je coche les deux cases tout en bas :

- la première rajoutera un onglet « APHP » à mes résultats de recherche dans PubMed. Si je trouve par exemple 25 000 références d’articles sur un sujet, dans l’onglet « APHP » je ne verrai plus que les articles parus dans des revues en ligne auxquelles est abonnée l’APHP (et pour lesquelles j’ai donc accès au full text en PDF depuis mon poste) ;

- la deuxième rajoute une icône APHP au bas des notices de résultats qui correspondent à un article paru (aussi) dans une revue à laquelle l’AP est abonnée (et si je clique sur l’icône, le PDF m’arrive tout cuit – toujours si je suis sur mon poste APHP, hein !).

Ci-dessous, une page de résultats (22 000 articles), avec deux onglets qui filtrent : l’un les ressources d’une université parisienne (4 300 résultats) et celles de l’APHP (le deuxième onglet, 1 600 références)

Ci-dessous, un exemple de résultat avec l’icône APHP qui pointe vers le PDF.

Bon, comme vous le voyez ci-dessus (ou pas, c’est tout petit), l’onglet APHP apparaît comme « ifrhplib » – on fait plus intuitif… Quant au premier onglet sur mes captures d’écran, il correspond aux ressources auxquelles sont abonnées les bibliothèques de l’université Paris 6 (UPMC) – choix totalement aléatoire dû à une main innocente que nous ne nommerons pas.

  • Share/Bookmark

La NLM nouvelle est arrivée

Vendredi 25 avril 2008

Signalé sur l’excellente liste Bibliosanté, par l’éminent M. Thirion :

Une nouvelle version révisée de la classification NLM (National Library of Medicine Classification) a été mise en ligne le 24 avril 2008, à l’adresse suivante : http://wwwcf.nlm.nih.gov/class/


26 nouvelles classes, 71 nouveaux termes du MeSH.

Enjoy !

  • Share/Bookmark