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À la suite de discussions avec certains collègues, un petit florilège d’idées reçues sur PubMed / MedLine :

Idée reçue n°1 : « Tout ce qui paraît en médecine est indexé dans MedLine. »

Faux. On estime à 40% le taux de littérature biomédicale dont les articles sont indexés par MedLine (zut, j’ai perdu la référence exacte de ce chiffre). Les articles de 5 000 revues biomédicales sont répertoriés, ce qui est déjà respectable, mais tout n’y est pas.

Idée reçue n°2 : « Si je cherche en français dans PubMed, je vais trouver les articles français. »

Faux. Les références des articles sont retraduites en anglais avant d’être indexées dans MedLine, et notamment le titre (qui apparaît alors entre crochets quand l’anglais n’est pas la langue d’origine). De manière générale, ce n’est jamais une bonne idée de chercher avec des mots-clefs français sur PubMed. Vu la masse d’articles recensés, on trouvera forcément quelques papiers en procédant de la sorte, car il reste toujours des scories non traduites dans certaines références. Sur les 5 000 revues indexées, on ne trouve qu’une centaine de périodiques en français.

Par contre, si vous avez trouvé une référence d’article français, et que le PDF est accessible via PubMed, le texte que vous consulterez sera bien en français. Les gens de la NLM ne poussent pas le vice jusqu’à traduire les articles en anglais. Inversement, PubMed ne traduit pas les articles anglais en français. Ni aucun autre outil d’ailleurs, au grand dam des étudiants qui posent régulièrement la question en formation… Les traducteurs automatiques qui existent ne donnent jamais de résultats satisfaisants, même s’ils permettent de saisir parfois l’idée générale d’un texte dans un idiome qu’on ne maîtrise pas du tout.

Idée reçue n°3 : « Si la revue est indexée dans MedLine, c’est une publication de qualité. »

Souvent vrai, parfois faux. Si la plupart des revues répertoriées sont de qualité, il y en a aussi qui n’ont que très peu à voir avec la recherche. Des revues avec de belles photos en couleur, où l’on déniche parfois quelques lignes de textes entre les pleines pages de publicité (non, non, je ne citerai pas de noms !).

Idée reçue n°4 : « Tous les articles sont accessibles en PDF sur PubMed. »

Faux. Déjà, tous les articles n’existent pas en format numérique. Si une icône apparaît en haut à droite de la notice, vous avez de la chance, l’article existe en numérique, et en cliquant sur l’icône vous pourrez y accéder… mais pas toujours gratuitement ! On estime à environ 25% du total les articles dont le contenu est accessible gratuitement en ligne via PubMed. Il s’agit de textes déposés dans des archives ouvertes ou publiés dans des revues en Free Access. Pour le reste, vous devrez vous contenter d’un résumé, dans le meilleur des cas. À moins de bénéficier d’un accès institutionnel qui vous fournira les articles des revues payantes pour lesquelles votre institution a contracté un abonnement.

Idée reçue n°5 : « Tous les articles sont indexés avec des mots-clefs du Mesh » ou « En faisant une recherche PubMed avec les mots-clefs du Mesh je vais trouver tous les articles sur mon sujet. »

Faux. Dans PubMed, les références sont visibles avant même qu’elles n’aient été indexées avec les mots clefs MeSH qui vont bien. On ne peut alors les trouver que par les mots qui apparaissent notamment dans le titre ou le résumé, ou via les mots-clefs fournis par l’auteur ou l’éditeur (qui ne sont pas nécessairement des mots-clefs MeSH). Ce sont les fameux articles qui apparaissent avec le mentions [PubMed - in process] ou [PubMed - as supplied by publisher].

Comment alors être sûr de récupérer jusqu’aux articles les plus récents sur votre sujet, ceux qui n’ont pas encore été indexés ? Le mieux est de lancer votre recherche via l’interface du CISMeF. En fonction des mots-clefs MeSH que vous aurez choisis (en français de surcroît, grâce à la traduction de l’INSERM), cette dernière va rajouter à l’équation de recherche tous les synonymes de vos termes (ceux qui apparaissent dans la fiche MeSH des termes que vous aurez sélectionnés) et les chercher dans les titres et résumés des articles en cours d’indexation.

Idée reçue n°6 : « Toutes les réalités médicales sont présentes dans le MeSH. »

Faux. Avec plus de 25 000 termes, le MeSH recouvre une bonne partie du vocabulaire médical, notamment pour l’anatomie, les maladies, les traitements… Mais il y a des choses que l’on ne trouve pas. Pour chercher des articles concernant un terme ou une expression introuvable dans le MeSH, il existe une astuce. Par exemple, le concept de « dose intégrale« , en radiothérapie, n’est pas répertorié dans le MeSH. Pour trouver des articles qui évoquent ce concept, il faut rentrer l’équation suivante : « integral dose » [TIAB]. Cela va indiquer à PubMed de chercher votre expression (tous les mots qui se suivent dans cet ordre) dans le titres ([TI] comme Title) et les résumés ([AB] comme Abstract) des articles présents dans la base. Et là, bingo, vous trouverez quand même des articles sur votre sujet.

Tags : archives ouvertes, indexation, MedLine, MeSH, NLM, Outil, PubMed, ressources électroniques

Cette entrée a été publiée le Mardi 28 août 2012 à 16:06, et rangée dans Bon à savoir. Vous pouvez suivre les réponses à cette entrée via son flux RSS 2.0. Vous pouvez laisser un commentaire, ou faire un rétrolien depuis votre site.